Abdullah Mokoginta dilantik sebagai wakil gubernur pada tanggal 20 Januari 1986.] Ia mengakhiri masa jabatannya pada tanggal 23 Oktober 1991 dan digantikan oleh Achmad Nadjamuddin.
Setelah mengakhiri masa jabatannya sebagai wakil gubernur, Mokoginta terpilih sebagai anggota Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) pada tahun 1992. Ia kembali terpilih sebagai anggota DPR pada pemilihan umum 1997 dan menjabat hingga tahun 1999.
Ia sempat dicalonkan sebagai Gubernur Sulawesi Utara di tengah masa jabatannya sebagai anggota DPR, namun kalah dari E.E. Mangindaan. Mokoginta wafat pada pukul 15.12 WITA tanggal 16 Agustus 2021 di Rumah Sakit Pobundayan, Kotamobagu, Sulawesi Utara.
